Secuenciación de próxima generación verificada por amplificación multiplex dependiente de ligadura de sondas para detectar una nueva variación en el número de copias en un niño con hipercolesterolemia familiar heterocigota
La hipercolesterolemia familiar (HF) es un trastorno autosómico dominante frecuente del metabolismo lipídico, causado principalmente por mutaciones en el gen del receptor de lipoproteínas de baja densidad (LDLR). Mientras que la HF heterocigota (HFHe) suele presentar fenotipos clínicos leves, la HF homocigota (HFHo), mutaciones compuestas heterocigotas o dobles mutaciones en LDLR pueden provocar complicaciones graves, como aterosclerosis acelerada y enfermedad arterial coronaria prematura. El diagnóstico genético preciso es crucial para el pronóstico y el tratamiento, ya que los niveles lipídicos por sí solos no permiten diferenciar de forma confiable la HFHe de la HFHo. Este informe resalta la importancia de integrar la secuenciación de próxima generación (NGS) con la amplificación multiplex dependiente de ligadura de sondas (MLPA) para identificar variaciones en el número de copias (VNC), que representan aproximadamente el 10% de las variantes patogénicas en LDLR.
Presentación clínica y antecedentes familiares
Una paciente femenina de 31 meses presentó múltiples xantomas planos y tendinosos, observados inicialmente a los 18 meses de edad. Los xantomas, de 0,3 a 1,5 cm de diámetro, se distribuían en dedos, muñecas, codos, glúteos y rodillas. A pesar de una talla (95 cm) y peso (14 kg) normales, su perfil lipídico mostró elevaciones extremas de colesterol total (CT: 23,88 mmol/L; normal <5,18 mmol/L) y colesterol unido a lipoproteínas de baja densidad (C-LDL: 17,94 mmol/L; normal <3,37 mmol/L). La ecografía abdominal no reveló anomalías.
Los padres presentaban dislipidemia leve. El padre tenía niveles de CT y C-LDL de 7,17 mmol/L y 4,1 mmol/L, respectivamente, mientras que los niveles maternos fueron 8,15 mmol/L (CT) y 3,69 mmol/L (C-LDL). Ninguno de los padres presentaba xantomas o alteraciones cardiovasculares. La discordancia entre el fenotipo grave de la niña y las manifestaciones leves en los padres sugirió un defecto genético compuesto.
Estrategia de diagnóstico genético
Secuenciación de próxima generación (NGS)
El análisis mediante NGS del gen LDLR en la paciente y sus padres identificó una mutación de cambio de marco de lectura (frameshift) en el exón 4 de origen paterno: *chr19:11216187-11216188 (NM_000527), c.606delC (p.H203Tfs3)**. Esta mutación, que causa una terminación prematura de la traducción, se clasificó como probablemente patogénica. Sin embargo, la gravedad de las anomalías lipídicas y los xantomas sugirieron un factor genético adicional.
Durante el análisis, una profundidad de cobertura (DOC) anormal en las lecturas de NGS indicó posibles deleciones heterocigotas en los exones 13 y 14 de LDLR. La DOC mide el número de lecturas alineadas a una región genómica; una reducción del 50% sugiere una deleción heterocigota. Aunque la NGS es menos sensible para detectar VNC, este hallazgo motivó estudios complementarios.
Amplificación multiplex dependiente de ligadura de sondas (MLPA)
Se realizó MLPA para confirmar la sospecha de VNC. Esta técnica utiliza pares de sondas que hibridizan secuencias adyacentes de ADN; deleciones o duplicaciones alteran la eficiencia de ligadura, detectable mediante electroforesis capilar. El MLPA confirmó una deleción heterocigota que abarcaba los exones 13–14 de LDLR en la paciente y su madre (Figura 1). Los resultados del padre fueron normales.
Diagnóstico genético e implicaciones
La paciente heredó dos mutaciones distintas en LDLR:
- Mutación paterna: Exón 4 c.606delC (p.H203Tfs*3), una variante que genera una proteína truncada no funcional.
- Mutación materna: Deleción de los exones 13–14, una VNC a gran escala que afecta dominios de unión a ligandos críticos para la función del receptor de LDL.
Esta heterocigocidad compuesta reclasificó el diagnóstico de HFHe a HFHo, explicando el fenotipo grave. Mientras los pacientes con HFHe desarrollan enfermedad arterial coronaria en la edad adulta, la HFHo conlleva alto riesgo de eventos cardiovasculares en la infancia. El inicio temprano de terapias intensivas (p. ej., aféresis de LDL, inhibidores de PCSK9) es esencial en HFHo, mientras que el manejo de HFHe se basa en modificaciones dietéticas y estatinas desde los 10 años.
Retos en el diagnóstico genético de HF
Aunque la NGS es la herramienta principal, sus limitaciones en la detección de VNC subrayan la necesidad de métodos complementarios como MLPA. En este caso, la dependencia exclusiva de NGS habría pasado por alto la deleción materna, llevando a una clasificación errónea como HFHe. La resolución a nivel de exón de MLPA la hace ideal para analizar VNC en LDLR, con concordancia del 100% con NGS cuando se identifican anomalías en DOC.
La superposición fenotípica entre HFHe grave y HFHo complica el diagnóstico. Algunos pacientes con HFHe presentan niveles de C-LDL >13 mmol/L, solapándose con rangos de HFHo. Las pruebas genéticas resuelven esta ambigüedad, permitiendo una estratificación precisa del riesgo.
Recomendaciones clínicas
- Pruebas trios familiares: El análisis simultáneo del paciente y padres mejora la detección de mutaciones, especialmente de novo o compuestas.
- Detección de VNC: MLPA u otros métodos deben complementar a NGS en el diagnóstico de HF. Los laboratorios deben analizar meticulosamente datos de DOC en NGS.
- Intervención temprana: Los pacientes con HFHo requieren tratamiento inmediato, incluyendo aféresis de LDL y terapias génicas, para prevenir morbilidad infantil.
Conclusión
Este caso ilustra el papel crítico de integrar NGS y MLPA para identificar VNC en LDLR, asegurando una clasificación precisa de HF. La heterocigocidad compuesta (mutación puntual paterna y VNC materna) subraya la complejidad genética en hipercolesterolemias pediátricas graves. Los clínicos deben sospechar VNC cuando la gravedad fenotípica no concuerde con una mutación única detectada por NGS. El asesoramiento genético y las intervenciones tempranas pueden modificar significativamente el pronóstico en HFHo.
doi.org/10.1097/CM9.0000000000001224